Weitere Aufgaben

Die weiteren Aufgaben werden i. d. R. nicht extra besprochen, sind aber teilweise in dieser oder einer ähnlichen Form prüfungsrelevant.

VL am 18.04.

  1. Welche Eigenschaften einer Substanz sind besonders relevant, wenn sie als Puffersubstanz verwendet werden soll?

  2. Nennen Sie vier Methoden, um den Puffer einer Proteinprobe auszutauschen! Welche eignet sich auch zur Aufkonzentrierung eines Proteins?

  3. Nennen Sie vier proteinogene Aminosäuren, die im physiologischen pH-Bereich eine Ladung an der Seitenkette tragen können!

  4. Schreiben Sie die relevanten Protonierungsreaktionen der AS-Seitenketten auf!

  5. Sie möchten die Eigenschaften eines Calcium bindenden Proteins untersuchen, das sich bei pH 7,2 am wohlsten fühlt. Welche Puffer werden Sie wahrscheinlich nicht verwenden?

VL am 25.04.

  1. Für die einfache Konzentrationsbestimmung von Proteinen und Nukleinsäuren kann deren Absorption im UV-Bereich gemessen werden. Bei welchen Wellenlängen wird gemessen? Welche Gruppen dieser Makromoleküle verursachen diese Absorptionen?

  2. Alkoholdehydrogenase aus Hefe ist ein Enzym aus vier identischen Untereinheiten. Jede Untereinheit besteht aus 348 Aminosäuren und enthält ein aktives Zentrum mit zwei Zinkionen. Wie groß sind bei einer Massenkonzentration von 1 mg/ml die folgenden Stoffmengenkonzentrationen:

    1. Tetramer

    2. aktive Zentren

    3. Zink

    Welche UV-Absorption hat diese Lösung bei 280 nm und 1 cm Schichtdicke ungefähr (Bonus: nicht ungefähr, sondern genauer)?

  3. Nennen Sie jeweils einen Farbstoff, der spezifisch DNA bzw. Proteine anfärbt!

  4. Nennen Sie zwei gängige colorimetrische Verfahren zur Bestimmung der Gesamt-Proteinkonzentration!

  5. Wie können Sie die Konzentration eines bestimmten Proteins in einer Mischung aus verschiedenen Proteinen bestimmen?

VL am 02.05.

  1. Was bezeichnet man als „Minipräp“?

  2. Welche Besonderheit zeichnet die Nukleotid-Derivate aus, die für die DNA-Sequenzierung nach Sanger eingesetzt werden?

  3. Nennen Sie ein Verfahren zum Nachweis einer bestimmten DNA-Sequenz in einem großen Pool von DNA (z.B. einem gesamten Genom)!

VL am 09.05.

  1. Beschreiben Sie drei wesentliche Klassen von Enzymen, die in der Molekularbiologie eingesetzt werden!

  2. Die Erkennungssequenz des Restriktionsenzyms SbfI beginnt mit 5‘-CCTG-3‘. Ohne im Katalog nachzuschauen: wie geht sie wahrscheinlich weiter?

VL am 16.05.

  1. Was könnte passieren, wenn bei einer PCR-Reaktion die Anlagerung der Primer (Annealing) bei einer zu niedrigen oder bei einer zu hohen Temperatur durchgeführt wird?

  2. Warum wird für PCR häufig Taq-Polymerase verwendet?

  3. Welche Eigenschaft der Restriktionsendonuklease DpnI wird für die ortsgerichtete Mutagenese genutzt? Wofür?

VL am 23.05.

  1. Welche wesentliche Eigenschaft kennzeichnet „(super)kompetente“ Zellen?

  2. Nennen Sie einige Eigenschaften, die in E.coli-Stämmen nützlich sind, die vorrangig für die Expression von Genen, d.h. für die Proteinproduktion benutzt werden!

  3. Was ist die Funktion des beta-Lactamase-Gens, das in vielen kommerziellen Plasmiden enthalten ist? Was müssen Sie beachten, wenn Sie in einen Stamm mehrere Plasmide gleichzeitig einbringen wollen?

  4. Was bedeutet „Auxotrophie“?

  5. Was ist Trypton? In welcher Art von Nährmedien wird es verwendet?

VL am 30.05.

  1. Woraus bestehen die Gele für die Protein-Gelelektrophorese häufig?

  2. Wozu dient DTT bei der SDS-PAGE?

  3. Wie können Proteine in einem Gel angefärbt werden?

VL am 06.06.

  1. Nennen Sie drei Verfahren für den Aufschluss von Bakterienzellen! Was sind Vor- und Nachteile?

  2. Wie können Sie die DNA aus dem Zelllysat entfernen?

  3. Was bedeutet „fraktionierte Fällung“ und womit wird in der Praxis häufig gearbeitet?

  4. Nennen Sie drei verschiedene Trennprinzipien der chromatographischen Proteinreinigung!

  5. Was sind inclusion bodies und wie werden sie bei der Proteinreinigung angewendet?

  6. Was sind Dodecylmaltosid, Lauryldimethylamin-N-oxid, Triton X-100, Desoxycholat?

VL am 13.06.

  1. Was ist FITC, und wofür wird es verwendet?

  2. Nennen Sie eine unspezifische und eine hochspezifische Protease, die für die nachträgliche Modifikation von Proteinen eingesetzt werden!

  3. Welche Aminosäuren werden zum Anbringen von Labeln an Proteine hauptsächlich verwendet? Nennen Sie je eine wichtige Verbindungsklasse, die für diese Labelling-Reaktionen eingesetzt wird!

  4. Nennen Sie Anwendungsgebiete für Quervernetzungsreagenzien!

VL am 20.06.

  1. Sie möchten in E. coli rekombinant ein Protein mit einer künstlichen Aminosäure exprimieren (mittels Amber-Suppression). Welche Komponenten werden für ein funktionierendes Expressionssystem benötigt?

  2. Beschreiben Sie ein Verfahren der künstlichen Evolution, mit dem ein Protein selektiert werden kann, das gezielt an ein vorgegebenes Target bindet!

VL am 27.06.

  1. Beschreiben Sie Möglichkeiten zur Messung von Enzymaktivitäten, wenn weder Substrat noch Produkt eine brauchbare UV/Vis-Absorption aufweisen!

  2. Was macht man bei einer „stopped-flow“ Messung?

VL am 04.07.

  1. Beschreiben Sie mehrere Möglichkeiten, die Stärke der Bindung eines Liganden an ein Protein zu ermitteln!

  2. Was sind wünschenswerte Eigenschaften für eine Proteinprobe, die man kristallisieren möchte?